L'atelier ChIP-seq
  • Cet atelier se déroulera sous forme de TP. Chaque binôme réalisera une expérience d'immuno-précipitation de chromatine

    • Fixation (crosslink) du matériel

    • Extraction et fragmentation de la chromatine

    • Immuno-précipitation (de modifications post-traductionnelles d'histones ou de l'ARN polymérase)

    • Validation de l'enrichissement par qPCR

  • Les banques de séquençage seront réalisées à partir des immuno-précipitations présentant de bons enrichissements.

  • Tous les aspects théoriques et pratiques du ChIP-seq seront abordés, de la fixation des cellules à l'analyse bio-informatique des résultats

 

  • Les aspects pratiques du ChIP-seq seront présentés par des chercheurs de l'I2BC.

  • Ce cours se déroulera dans les locaux de l'I2BC

  • Une visite de la plateforme de séquençage à haut-débit de l'I2BC sera envisagée.

Figure 1: Nuage de mot obtenu à partir des titres des articles suite à la recherche du mot "Chip-seq" sur Pubmed

Les  résultats de ChIP-seq seront analysés lors de l'atelier BigData

  • Analyse bioinformatiques et bio-statistiques des résultats

  • Corrélation entre épigénome et transcriptome

L'expérience de ChIP-seq

Le ChIP-Seq est une technique de biologie moléculaire permettant l'étude d'interaction ADN/proteine à l'échelle du génome. Elle combine l'immuno-précipitation d'une protéine d'intéret au séquençage haut-débit des fragments d'ADN co-précipités.

Figure 2: Support d'étude et outils en épigénomique.

   Gauche: Nucléosome (PDB 1aoi)

   Milieu: Lame de séquençage Illumina

   Droite: Séquenceur haut-débit Next-Seq 500

Figure 3: ChIP-seq for H3K27me3 in drosophila S2 cells. The snapshot is centered on the Bithorax cluster that contains the 3 homeotic genes Ubx, Abd-A, and Abd-B. These genes are repressed in S2 cells and covered by H3K27me3.

Coordinates in Mb along the chr3R (dm6).

Our sponsors :

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Titre 1

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Descriptif de l'atelier  ChIP-seq

Les animateurs :

  • Claude THERMES, directeur scientifique de la plateforme de séquençage à haut-débit de l'I2BC

  • Robert DEBUCHY, chercheur CNRS, animateur de la formation qPCR

  • Daan NOORDERMEER, Chef d'équipe 'Chromatin Dynamics'

  • Laurent KURAS, Chef d'équipe 'Physiologie et Pathogénicité des Stress'

  • Gaëlle LELANDAIS, Professeur de bioinformatique

  • Sébastien BLOYER, Professeur d'épigénétique

Responsables de l'atelier :

  • Benoit MOINDROT

  • Pierre GROGNET

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L'atelier ChIP-seq est sponsorisé et hébergé à l'Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC) sur le campus CNRS de Gif-sur-Yvette. 

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